Od wejścia w życie nowego Prawa Wodnego wydanie pozwolenia wodnoprawnego lub przyjęcie zgłoszenia wodnoprawnego następuje przed dokonaniem zgłoszenia budowy lub wykonania robót budowlanych oraz zgłoszenia zmiany sposobu użytkowania obiektu budowlanego lub jego części na podstawie przepisów ustawy z dnia 7 lipca 1994 r. – Prawo budowlane. Wcześniej tj. przed nPW pozwolenie wodnoprawne można było uzyskać po decyzji na budowę.
Zgodnie z art. 388 ust. 2 ustawy Prawo wodne, wydanie pozwolenia wodnoprawnego lub przyjęcie zgłoszenia wodnoprawnego następuje również przed uzyskaniem:

1) decyzji o pozwoleniu na rozbiórkę obiektów jądrowych – wydawanej na podstawie przepisów ustawy z dnia 7 lipca 1994 r. – Prawo budowlane;
2) decyzji o zezwoleniu na realizację inwestycji drogowej – wydawanej na podstawie przepisów ustawy z dnia 10 kwietnia 2003 r. o szczególnych zasadach przygotowania
i realizacji inwestycji w zakresie dróg publicznych (Dz. U. z 2017 r. poz. 1496 i 1566);
3) decyzji o zezwoleniu na realizację inwestycji w zakresie lotniska użytku publicznego
w rozumieniu przepisów ustawy z dnia 12 lutego 2009 r. o szczególnych
zasadach przygotowania i realizacji inwestycji w zakresie lotnisk użytku publicznego
(Dz. U. z 2017 r. poz. 1122 i 1566);
4) decyzji o zezwoleniu na prowadzenie obiektu unieszkodliwiania odpadów wydobywczych – wydawanej na podstawie przepisów ustawy z dnia 10 lipca 2008 r.
o odpadach wydobywczych (Dz. U. z 2013 r. poz. 1136, z 2014 r. poz. 1101, z 2016 r. poz. 1579 oraz z 2017 r. poz. 1566);
5) decyzji o pozwoleniu na realizację inwestycji w rozumieniu przepisów ustawy z dnia
8 lipca 2010 r. o szczególnych zasadach przygotowania do realizacji inwestycji
w zakresie budowli przeciwpowodziowych (Dz. U. z 2017 r. poz. 1377, 1381 i 1566);
zezwolenia na budowę obiektu jądrowego oraz zezwolenia na budowę składowiska odpadów promieniotwórczych wydawanych na podstawie przepisów ustawy z dnia
29 listopada 2000 r. – Prawo atomowe (Dz. U. z 2017 r. poz. 576 i 935);
6) decyzji o zezwoleniu na założenie lotniska – wydawanej na podstawie przepisów ustawy z dnia 3 lipca 2002 r. – Prawo lotnicze (Dz. U. z 2017 r. poz. 959 i 1089);
7) zezwolenia na zbieranie odpadów, zezwolenia na przetwarzanie odpadów i zezwolenia
na zbieranie i przetwarzanie odpadów – wydawanych na podstawie przepisów ustawy
z dnia 14 grudnia 2012 r. o odpadach.